入院中のコロナ感染　レセ請求

職場で医療事務の退職者が出て、新人ばかりが残りました。その矢先に、7月より院内でコロナ感染があり、わからないなりに調べてレセ請求したのですがコロナ公費分は返戻になってしまい・・・。長文になりますが、教えていただけないでしょうか。
入院レセで保険と２８感染症検査公費と２８感染症療養公費？（正当な名称がわかりませんでした）の３併用です。
返戻になった理由が「自宅療養公費を使用しています」（自宅療養・宿泊療養の公費番号を使用していたため）と「第一公費、第二公費の優先順位を確認してください」（公費の優先番号が間違えていた）でした。上記の理由に関しては理解できたので再提出しようとしていたところ国保連より連絡があり、公費申請をしないといけない旨を教えていただきました。
保健所に連絡して用紙をお願いしたのですが時間がかかると言われ申請書がまだ届いていません。県のHP（他の県は掲載されているが当県には見当たりませんでした）にもなく何もできないまま日が過ぎています。そもそも保健所に医療機関から申請するものなのか、家族又は本人が申請するものなのか（入院料はコロナに関するものは公費にしたため患者さんの負担はない状態です）どちらなのでしょうか。申請がおりてからのレセ請求となるのでしょうか。
大変長文失礼いたします。