期限切れ処方箋について

今月から院外処方に切り替えた小児科診療所の事務をしています。
とても初歩的な質問で恐縮なのですが…
11/1に発行した処方箋を11/11になって｢取りに行けなかった｣と言って持ってきた患者さんへの対応についてです。
私は、11/1のお薬が欲しいなら(酸化マグネシウムでした)処方箋料+薬価を自費でもらうことになると思っていました。
それを上司と主任看護師に確認すると、発行日を11/11に書き換えて医師印で訂正し、処方箋料のみ自費でもらう。つまり自費の処方箋は出さないで良いとのことでした。
ちなみに11/11も別の症状で受診をされたため、11日に処方薬があるならそれに1日の酸化マグネシウムを加えてもう一度出してしまっても良いのではという話にまでなりました。
そして、自費処方箋料をもらった場合も、11日付けの薬に1日の酸化マグネシウムも加えた場合も、その経緯をカルテに残す必要はないと言われました。

医師がどう言おうと処方箋発行日を書き換える事はできないと記憶していましたし、再発行＝自費処方箋と思っていました。
また、患者都合で持ち込まれた期限切れ処方箋と別日の診察とは関係無いので、受け取らなかった薬をもう一度保険診療で出してあげるのは筋が違うと思うのですが、どうなのでしょうか？
前職から５年ほどブランクがあるので、変わった事があるなら合わせて教えていただきたいです。