外注検査時の収支について

大変初歩的な質問で申し訳ありません。病院勤務のため知見が少ないのですが、主にクリニックや小規模病院の外来でのシチュエーションです。

収支の算出についてです。

小児科外来診療料など、「まるめ」の診療報酬を採用しているクリニックがあるとします。そこで6歳未満の患者様に対しては、保険適用での検査や処置に関してはどれだけ行っても定額の報酬となる、これが「まるめ」であり、過剰な検査や治療などを抑える効果があると理解しています。
小児科外来診療料で、初診受診、処方ありなら604点が計上されると思います（他の加算等は除いて）。

一方で、高額な検査実施する場合、例えば非特異的IgE（110点）+特異的IgE（110点）x13項目→1540点分の保険点数となりますが、実際に患者様、保険者に請求できるのは604点だと思います。

以前、ある方から、赤字になってしまうので、本当に必要な検査のみ実施するように指導を受けた記憶があります。
この場合、
1540-604=936点分をクリニックが負担することになるから、ということでしょうか。
もしくは、この場合は外部委託検査となると思いますが、検査委託料（検査会社によって異なると思いますが）の方が診療報酬よりも高額になるから
、ということでしょうか。

つまり、損失の計算過程についての質問となります。
ご教授いただければ幸いです。