外来様式1入力支援ソフトについて

外来調査事務局より提供されている外来様式1入力支援ソフト（以下、入力ソフトと省略）の操作方法について教えていただきたいです。
試行データを作成中のため、初めて操作します。
パソコンが苦手なものばかりなので細かく教えていただけますと幸いです。

まずレセコンでEFKファイル
Eg_yyyymmdd.txt
Fg_yyyymmdd.txt
Kg_yyyymmdd.csv
Output_Gairai_yyyymmdd.txt
Output_Kihon_yyyymmdd.txt
の5つのファイルは出力できています。

入力ソフトのファイル取り込みから
Output_Gairai_yyyymmdd.txt
Output_Kihon_yyyymmdd.txt
それぞれ1つずつ取り込みをすれば良いのでしょうか？
それともこの2つをファイル統合してからファイル取り込みをするのですか？
ひとまず1つずつ取り込みをしたのですか、取り込んだデータを見ると、
データ識別番号
氏名
生年月日
受診年月
性別  
認知症の有無
介護度
ICD10コード
傷病名コード
修飾語コード
傷病名
等は取り込めているのですが、当院ではレセコンのため
糖尿病の有無_糖尿病
自院管理の有無_糖尿病
高血圧症の有無_高血圧症
自院管理の有無_高血圧症
脂質異常症の有無_脂質異常症
自院管理の有無_脂質異常症
心不全の有無_心不全
慢性腎臓病の有無_慢性腎臓病
等の他多数、取り込める機能がありません。
これらを入力するにはどこから入力すれば良いのでしょうか？
当月中の終診情報
終診年月日を入力する項目もあるのですが、当月中に終診がなければ空欄でも良いのでしょうか？

1人ずつ抜けている情報を埋めて修正したあと、様式1（FF1）を作成するにはファイル出力？をすれば良いのでしょうか？
マニュアルを見ても流れが分からず、事務局にメールで問い合わせてもよく分かりません。
提出支援ソフトの方はインストールはしましたがまだ使えないようなので、ひとまず入力支援ソフトの使い方をご教示お願いいたします。
こんな質問で申し訳ないですが、どなたか親切な方がいらっしゃったらよろしくお願いいたします。
気の遠くなるような作業ですが、簡単に作成できる有料ソフトは購入する意思はないそうです。