病院と薬局で公費の扱いが異なる場合の請求について

調剤薬局の事務をしています。

患者さんが社保＋指定難病（負担額5000円）重度障がい者医療（1医療機関ごとに月500円まで。備考：外来医療機関の処方せんによる調剤薬局の患者負担額は無料になります。）の3併用となっています。

患者さんが重度障がい者医療証を薬局に提示されたため、病院にも提示しているか確認したところ、患者さんは「病院には提示していない」とのことでした。

そこで病院へ確認したところ、

「以前、障害医療を併用して請求したところ返戻になったため、病院では障害医療は使用せず、社保＋指定難病のみで請求している」

との回答でした。

しかし、この患者さんについて役所へ直接確認したところ、

「今回のケースでは病院側も重度障がい者医療を使用するべき」

との回答をいただきました。

また、支払基金からは、薬局については重度障がい者医療を使用してよいとの回答をいただいています。

ここで疑問があります。

指定難病の自己負担上限額管理票について、薬局では重度障がい者医療を適用すると窓口負担は0円になりますが、難病の管理票には、実際の支払額ではなく指定難病適用後の自己負担額を記載すると認識しています。

例えば、難病の自己負担額が5,000円の場合、

* 薬局：障害医療適用後の窓口負担 → 0円
* 難病の管理票：5,000円を記載
* その後、病院で管理票を確認すると、すでに難病の上限額に到達しているため、難病分の患者負担は0円

となると思います。

一方、病院が障害医療を使用せず「社保＋難病」のみで請求すると、患者さんは病院でも薬局でも実際の窓口負担が発生しないことになり、重度障がい者医療の通院時の自己負担（月500円）の扱いもおかしくなるのではないかと考えています。

お聞きしたいこと

① このケースでは、病院・薬局ともに「社保＋指定難病＋重度障がい者医療」の3併用で請求するという認識でよいでしょうか？
　
② 難病の自己負担上限額管理票について、薬局で実際の窓口負担が0円でも、指定難病適用後の自己負担額を記載するという認識でよいでしょうか？

③病院が在宅を行なっており月末にまとめて管理票へ記載する運用をしている場合、薬局が先に記載て下さいと病院より言われていますが、金額によって難病の上限額に到達してしまうケースがあります。この場合の病院・薬局それぞれの正しい記載・請求方法についても教えていただきたいです。

同じようなケースを経験された方や、請求方法をご存じの方がいらっしゃいましたら、ご教示いただけますと幸いです。