ベースアップ評価料　実績報告書における諸手当等について

度々失礼します。
諸手当等について教えてください。

・年度途中に給与規則による通勤手当の増額について
当院では昨年度途中で規則が変わり、通勤手当について変更が生じました。
これについてはどのように対処したらよろしいでしょうか？
私個人の見解としては、「賃金改善実施期間（１）の開始月時点」と書かれているため、4月時点の規則に沿った通勤手当で計上すれば良いと考えています。

・週世の支給率UPに関する取扱いについて
当院は国立大学病院のためベースアップ評価料に対応する賃金改善とは別で、元々人事院勧告による賃金改善が毎年実施されております。
前回の人勧では、賞与の支給率がUPしたのですが、支給率そのものについては実績額に含むのでしょうか？
①（新基本給×新支給率）ー（旧基本給×新支給率）
②（新基本給×新支給率）ー（旧基本給×旧支給率）
私個人の見解としては、支給率そのものは対象外とし、①の方法で算出すべきかと考えております。

・集計が面倒なときに「実績に含めない」とすることは可能か
当院では、常勤換算は人事系の部署、給与については予算の部署、施設基準担当がとりまとめ、と業務を分担し取り組んでいます。
給与について算出する部署から、集計が面倒な場合には「実績に含めない」とすることが可能か聞かれました。
具体的にどういったものかは確認できておりませんが、私個人の見解としては、全て含めて計算すべきかと考えております。

有識者の皆様、ご教示いただけますと幸いです。
よろしくお願いいたしますm(_ _)m