クリニックの算定・対応について

精神科クリニックの算定・対応について疑問があります。
 初診時、「通院・在宅精神療法（30分以上）」が算定されていました。
しかし、実際の診療時間は20分ほどであったため、疑問を感じ、診療報酬点数表の通知等を確認したうえでクリニックへ問い合わせました。
 クリニック側からは、
 ・30分の診察枠だから算定している
 ・5分、10分で終わらせたわけではない
 ・双方同意の上で診察を終えている
との説明を受けました。
 説明に納得できなかったため行政へ相談したところ、結果として返金および領収書・明細書の差し替え対応となりました。
 その後、行政経由でクリニック側の説明として、「当時は自費診療だったため今回の算定を行った」との話もありました。
 ただ、こちらは受診前の時点で「保険証がまだ届いていないため、一旦自費で支払い、後日保険証持参後に精算したい」と伝えていました。
クリニック側からも「保険証忘れ等で自費受診した方への後日精算案内」の説明書きを渡されており、最初から後日保険診療として精算する前提での対応だったと認識しています。
 このような場合でも、「当時は自費診療だったから」という理由で今回の算定が認められることはあるのでしょうか。
 また、行政確認後に返金・明細差し替えとなったにもかかわらず、「算定は間違っていない」という説明になるケースは、クリニックでは一般的なのでしょうか。
みなさんはどう思われますか？