クリニックの算定と対応について

以前、「通院・在宅精神療法（30分以上）」の算定について質問させていただいた者です。
 その後、行政への相談やクリニックとのやり取りがあり、新たに疑問が出てきたため、続きとして質問させていただきます。

 精神科クリニックの算定・対応について疑問があります。 カテゴリー違いでしたら申し訳ありません。

 初診時、「通院・在宅精神療法（30分以上）」が算定されていました。
 しかし、実際の診療時間は20分程度であったため疑問を感じ、診療報酬点数表の通知等を確認したうえでクリニックへ問い合わせました。
 クリニック側からは、
 ・30分の診察枠だから算定している /受付
 ・5分、10分で終わらせたわけではない /事務長
 ・双方同意の上で診察を終えている/医師
 との説明を受けました。
 説明に納得できなかったため行政へ相談したところ、結果として返金および領収書・明細書の差し替え対応となりました。
 その後、行政経由でクリニック側から、 「当時は自費診療として算定した」 との説明があったと伺いました。  
ただ、こちらとしては受診前の時点で、 「保険証がまだ届いていないため、一旦自費で支払い、後日保険証持参後に精算したい」 と伝えていました。
 また、クリニック側からも「保険証忘れ等で自費受診した方への後日精算案内」を渡されており、当初から後日保険診療として精算する前提の対応であると認識していました。
 このような場合でも、 「当時は自費診療だった」 という理由で、保険診療であれば算定要件を満たさない内容を算定する考え方はあり得るのでしょうか。
 また、行政確認後に返金・明細差し替え対応となったにもかかわらず、返金時には「算定は間違っていない」と説明され、謝罪もありませんでした。

 制度上、このようなケースはどのように考えるべきでしょうか。